Иногда да, иногда нет.
Если это вводное сочетание, то оно выделяется запятыми. Вводное сочетание "в конце концов" выражает недовольство, нетерпение, раздражение или указывает на то, что соотносящееся с ним высказывание является заключительным. Например: "Мне это надоело, в конце концов". (А. Чехов "Чайка")
Если "в конце концов" это член предложение в значении «после всего, в завершение, напоследок», то запятые не нужны. Например: "Неужели я всё-таки забуду его в какой-то короткий срок – ведь всё в конце концов забывается? "(И. Бунин "Холодная осень")
